Infeksi adalah kolonalisasi yang dilakukan oleh spesies asing terhadap organisme inang, dan bersifat membahayakan inang. Organisme penginfeksi, atau patogen, menggunakan sarana yang dimiliki inang untuk dapat memperbanyak diri, yang pada akhirnya merugikan inang. Patogen mengganggu fungsi normal inang dan dapat berakibat pada luka kronik, gangrene, kehilangan organ tubuh, dan bahkan kematian. Respons inang terhadap infeksi disebut peradangan. Secara umum, patogen umumnya dikategorikan sebagai organisme mikroskopik, walaupun sebenarnya definisinya lebih luas, mencakup bakteri, parasit, fungi, virus, prion, dan viroid.
Secara umum infeksi terbagi menjadi dua golongan besar:
- Infeksi yang terjadi karena terpapar oleh antigen dari luar tubuh
- Infeksi yang terjadi karena difusi cairan tubuh atau jaringan, seperti virus HIV
Pada tahapan infeksi awal, patogen setelah menembus jaringan dapat berkembang di luar sel tubuh (ekstraselular) atau menggunakan sel tubuh sebagai inangnya (intraselular). Patogen intraselular lebih lanjut dapat diklasifikasikan lebih lanjut:
- Patogen yang berkembang biak dengan bebas di dalam sel, seperti : virus dan beberapa bakteri (Chlamydia, Rickettsia, Listeria).
- Patogen yang berkembang biak di dalam vesikel, seperti Mycobacteria.
Jaringan yang tertembus kemudian dapat mengalami kerusakan oleh karena infeksi patogen, misalnya oleh eksotoksin yang disekresi pada permukaan sel, atau sekresi endotoksin yang memicu sekresi sitokinin oleh makrofaga, dan mengakibatkan gejala-gejala lokal maupun sistemik.